以下皆轉自：http://blog.twblog.net/aitnog/archives/001042.html#more
一開始，過度依賴AI機器的人類，和最終產生自覺而抗命的AI機器之間，演變成一場史無前例的大戰，在節節敗退的困獸之鬥中，人類為了完全摧毀機器人，決定使用非常激烈的手段，永久的遮蔽地球的大氣層，目的是為了切斷AI的能量來源─太陽能。集中所有AI機器殘存能量一搏的AI機器雖然勝利了，但是卻也面臨能源急速短缺的危機。後來AI發覺利用人類身體可以將食物轉換產生電能的特性，能夠繼續的供應能源。於是收集了很多在戰爭中存活下來的人，將他們的身體作為產生能源的工具。為了要使人類長久乖乖的順從，AI將他們的知覺連接到根據AI邏輯所設計,沒有痛苦的虛擬完美世界Matrix (註一） 中，以確保他們永遠不會發現他們的困境。
沒想到在AI眼中完美無缺的第一代Matrix中，人類卻無法長久沈睡，一個接著一個死去或者驚醒過來。造物主只好根據人類歷史為背景再度設計第二代Matrix，不過人類對第二代Martix仍然不捧場，系統還是崩潰了。為了解決這個問題，造物主接受另一個專門研究人類心理層面的直覺式程式─祭師ORACLE（註二）─的建議，在Matrix中加入了『選擇』的變數，也許因此在第三代Matrix中生活的人潛意識中開始懷抱著希望而生存下來。可是這麼一來，Matrix中卻漸漸開始產生一些造物主無法預測的異常現象，並且逐漸累積發展成一組特定的意識型態─The One.造物主為了要在Matrix中平衡這個『意識/程式』，於是創造出另一組反向/負面程式─史密斯Smith。（註三）
Matrix中的人有了『選擇』之後，漸漸地有少數的人察覺到Matrix的不對勁而覺醒過來，並且開始想辦法幫助別的人類覺醒。為了提早鎮壓Matrix中有可能覺醒的少數人類，造物主在系統中設置了警戒程式─電腦人（AGENT)。可是在Matrix與AGENT無所不在的控制之下，仍然會有極少數的人覺醒過來。而這些覺醒過來的人，在The One的帶領之下，聚集到地底下建立了錫安。
造物主為了避免覺醒的效應擴大，也放任錫安暫時成為他系統的『資源垃圾桶』，以免『負面』的影響擴大到其他的人。然後在錫安的人類聚集到一個足以動搖系統安定的邊界值之前，就發動機械大軍攻打錫安，『回收』消滅所有覺醒的人類。此時The One 這個變數在他嚴密的監視與控制之下，被圍捕到一個可供選擇的出口─回到萬物之源SOURCE─也就是Matrix的原始碼程式庫。另一個選擇─拯救崔妮蒂Trinity ─與全Matrix的人類比較起來之下，則彷彿是造物主為了平衡Matrix『選擇』特性的一個安排而已。當The One 回到了SOURCE─避免了Matrix的當機害死裡面的所有人─之後，他被造物主允許挑選Matrix中的16女7男去重建錫安『資源垃圾桶』，而錫安舊有的人民則被機械大軍全數『回收』消滅。
ORACLE歷來藉著引導莫斐斯─Morpheus（註四） 與崔妮蒂─Trinity （註五）來找到The One 並引導其邁向更高一層的『覺醒』。表面上看起來她好像是在呼應造物主控制系統變數的意圖，實際上她卻是為了要止息戰亂而有意地幫助歷代The One面對選擇的機會。這場無盡的壓制在造物主的強力控制之下，本該永無止境繼續下去。終於第六代的The One ─ NEO 不再遵循前幾代的救世主，被造物主以悲天憫人的前提算計之下，選擇理所當然的『拯救天下蒼生』。他連續展現兩個奇蹟似地救起Trinity（超音波飛行與數位心肺復甦術），至此NEO完全打亂了造物主的計算與安排。
值得探究的是，Agent Smith在前幾代的循環中，是否也曾在被剛覺醒的The One消滅之後，轉而成為Matrix中致命的電腦病毒。如果答案是肯定的話，那Matrix應該早就被終結，在連鎖效應之下，機械帝國與人類應該也無一倖存。如果答案為否的話，那Agent Smith的突然變異，為第六代The One 與機械大帝的談判貢獻了最大的籌碼，也許他急欲離開Matrix的渴望，反而才是平息這場戰爭最大的幕後功臣。
本來Agent Smith對Morpheus說人類就像地球的病毒，不僅不懂得與地球和平共存，反而耗盡地球的資源並且不斷繁殖。他拷問Morpheus就是為了終結錫安，才能早日結束他忍受人類氣味的日子。最後他自己卻反倒成為Matrix中的病毒，一樣無限制的犧牲他人來複製他自己，並且差一點就毀滅整個AI機器帝國。
造物主接受NEO消滅Agent Smith換來和平的條件，來達成AI機器帝國的延續。NEO最後任由Agent Smith吸收複製─但其實達成一種中和的效果─於是正與負回復成空無（註七）。被Agent Smith吸收的ORACLE與Matrix中的其他人也都恢復了原樣。AI機器帝國避免了毀滅的危機，而造物主也答應維持AI機器帝國與ZION人類之間的和平，從此人類在美麗的幻境Matrix與嚴酷的現實ZION之間有了真正自由的選擇。
那個必然的猶大─賽佛 Cypher曾經說：『我認為母體…比這個世界還要真實。過了九年…苦日子，你知道嗎？無知就是快樂。』
而Neo雖然犧牲他自己在Matrix中救世主的數碼型態部分與Smith中和了，但如果他在Matrix被Smith殺過一次都沒有死，連Matrix中的Trinity也曾被他救活了。那他在現實世界的真我會因虛擬世界的犧牲假我而消逝嗎？我也不知道……,不過機械擔架把他載走之際，他特有的主觀鏡頭─光芒萬丈的機械大帝─倒是又出現了一次。
後記：1.在幕後花絮中有提到第三集中ORACLE之所以變換面貌的真正理由，是原來擔綱的演員突然逝世了….
2.基本上我很懷疑導演兄弟是否有可能推出電影原創小說，顯然第二集之後我就很難為劇情自圓其說，我的看法偏向於他們兄弟應該
是借用禪宗見山不是山、見山又是山的三部曲精神硬擠出來第二集與第三集。可見過猶不及，第一集的留白與精神還是最完美無瑕
的，不過第二集與第三集應該創造了比第一集更大的商業利益。
註一：MATRIX一個字就包含了結構，母親，矩陣，網路，虛擬實境等意義，幾乎把電影的主題都包含了。MATRIX可以指涉「數字矩陣」，數字是構成電腦軟體的基礎，也呼應了畢達哥拉斯所言：「一切都是數字」，就像NEO所看到的。在劇情裡，MATRIX是母親，是養育人類的母親，是也是連結人類意識的網路，還是今日所謂的虛擬實鏡。而MATRIX在字義中對本片概念最重要的就是「結構」了。所以電影以“ The Matrix has you.”作為開場白。NEO收到MORPHEUS的第一句話是：“Wake up, Neo. The Marix has you.”MORPHEUS告訴NEO“ The Matrix is everywhere”正是結構主義所說的「結構無所不在」。之後MORPHEUS在模擬訓練場告訴NEO什麼是MATRIX時開場介紹 This is the Construct。最後MORPHEUS結論：“ What is the Matrix? Control.”更是明白表示「結構就是控制」。人活在結構之中。)
註二：Oracle[祭師]（GLORIA FOSTER）
Oracle為「神使」、「神諭」或「傳神諭者」，勉強可譯為「祭司」。外貌為不起眼的拉丁裔老嫗，引導Morpheus等人尋找「救世主」（The One）
註三：Agent Smith[史密斯]（HUGO WEAVING）/ Agent Brown（PAUL GODDARD）/ Agent Jones（ROBERT TAYLOR）
《駭客任務》中出現的三名Agents（幹員）分別叫Smith、Brown 和 Jones。在英語世界中，這是極度常見的姓氏（類比為中文的張三、李四和王五），用以凸顯 作為程式化身的Agents極度無個性之本質。但Agent Smith在此是個異類。
Smith有「鐵匠」或「工匠」之意。在《駭客任務：重裝上陣》一開始，可以注意Smith的車牌號碼是「IS5416」。查一下《舊約聖經》〈以賽亞書〉第54章16節（Isaiah 54:16）：「Behold, I have created the smith that bloweth the coals in the fire, and that bringeth forth an instrument for his work; and I have created the waster to destroy.」（King James Version）Smith意指「來到世上負責毀滅的工匠」。
另〈以賽亞書〉54 章的標題也透漏了最後的結果：54章主題說的是：「Zion will be Secure.」
註四：源自希臘神話中的「睡夢之神」（the god of dreams and sleep），睡眠之神Somnus之子，形象一般為有翅膀的老人，利用喝下不同的水來區分夢境與現實。
註五：Trinity 指「三位一體」。基督教特有的教義，謂上帝以三個位格存在：即「聖父」、「聖子」及「聖靈」。）
註六：先知對尼歐說過：「Smith是為了硬要平衡方程式所產生出來的，他是你的負面，你的反向」
註七：除了造物主聖父、ORACLE聖靈與The One聖子呼應三位一體外，另外一組可能的三位一體是Trinity空無─合/Neo梵天─生/Smith濕婆─死。
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錫安是母體所建立的更接近現實的自由意識夢境. 事實上錫安仍是母體所創造的夢境,仍未真正脫離母體,也就是因為過多的自由意識夢境所造成的不確定性與失去控制的亂數,會危及母體的安全.才要不斷的毀滅錫安夢境.這在情節中不斷的在造物主與先知的言談中被暗示,至於為何要創造錫安夢境, 那就是要讓選擇能持續在第三代母體存在以維持系統的穩定, 而所產生之不可控制的亂數(自由意識覺醒夢境)就導引到錫安夢境中. 再透過不斷的毀滅與重生錫安夢境來達到母體的穩定與平衡. 也就因為如此, 救世主的選擇與宿命早已決定了. 尼歐一步一步的瞭解他的宿命, 也一步一步的陷入徬徨. 尼歐只是錫安夢境(自由意識夢境)裡共同希望意識的投影與寄託在湯瑪斯安德生的身上(母體中最不可控制的亂數). 他不同於前面的救世主, 之前者選擇重設錫安夢境.而他可以同時毀滅母體與錫安夢境(造物主與先知都提過), 或自我犧牲與史密斯一同消失以換取暫時的穩定(劇情中所謂的和平). 他選擇了自我犧牲. 而他的徬徨與不捨在崔妮蒂與他共同赴難以及崔妮蒂先行犧牲後成了義無反顧的唯一宿命了.
